为实现实名制管理机构清、编制清、领导职数清、实有人员清，具体机构设置与按规定审批的机构相对应、实际配备人员和财政供养人员与批准的编制和职数相对应的“四清两对应”目标，南京市委编办坚持“四个强化”，夯实实名制管理实效。
一、强化日常管理，大力提升实名制信息有效性。
制作实名制系统操作视频集锦，加强实名制管理宣传和日常培训，优化实名制管理日常工作流程，定期更新机构编制调整信息，及时办理人员进编、出编、流动业务，确保实名制系统机构编制和实有人员数据信息的时效性和准确性；不断扩大机构编制实名制系统的覆盖范围，将实名制系统延伸至市各主管部门下属的二级单位和区（县）机关各部门、各街镇。
二、强化系统延展，开发启用编外人员实名制管理系统。
为了强化编外人员规范管理，南京市委编办依托机构编制实名制管理系统，建立了市编办—领导小组成员单位—市级部门联动的市级机关事业单位编外人员实名制管理信息系统。以管好编外人员“进、管、出”全过程为出发点，围绕重点环节，科学设定用人单位、主管部门、编制部门、组织部门、人社部门、财政部门的网上动态管理流程，实现了编外人员的动态化、流程化管理和人员信息数据共享，全市实名制管理信息系统的功能得到了延伸和拓展。
三、强化数据运用，不断拓展实名制系统应用功能。
为了更好地在领导决策、政策制定中提供数据支持，机构编制实名制系统增加了各类统计报表，现已实现全市分类、分层级编制、职数及实有人员一键点击自动统计功能。同时，机构编制实名制系统增设了数据分析功能，可对全市机关事业单位在职人员的年龄结构、男女比例、职级人数、领导职数及近几年退休人员预测等情况进行统计分析。
四、强化工作联动，健全多部门协调配合机制。
在实名制系统管理工作中，构建了编制、组织、人社等部门实名制管理系统的联合审核机制，并通过加强与财政部门工作统发系统信息的对接，完善了实名制系统在动态监测、信息报送、用编审核等方面的基础性作用。同时，通过日常机构编制管理、机构编制核查、党政主要领导干部“三责联审”、经济责任审计、选任用人检查等工作，逐步完善了与组织、人社、财政、审计等部门的协调配合机制和信息共享机制。