整合执法职能，厘清执法权限。横向上按照整合、综合的原则，对职能相近、执法内容相近、执法方式相同的机构和职能进行整合，减少执法机构和执法队伍种类，解决多头执法问题。纵向上，按照属地管理的原则，理顺市、区两级政府执法职责，市场监管、交通运输、农业领域实行以区为主进行执法，市级负责跨区执法、重大案件协调和园区（功能区）执法，生态环境保护、文化市场领域统一市级层面执法，完成“设区市与市辖区原则上只设一个执法层级”改革任务。以生态环境保护领域为例，将环境监测、执法机构及其他所属事业单位随县（市、区）环境保护局一并上收到市，统一市级层面执法，在乡镇（街道）按区域设置22个环境基层执法机构。积极探索园区（功能区）综合执法改革，在扬州经济技术开发区、扬州市蜀冈—瘦西湖风景名胜区组建综合行政执法局，以园区（功能区）名义统一行使行政处罚权。
整合执法队伍，加强执法力量。推行部门内综合，在宝应县开展农业领域综合行政执法，全面整合宝应县农委下属农业、林业、畜牧业、渔业、农机等事业单位承担的执法职责，组建宝应县农业综合行政执法大队，实现一个部门一支队伍管执法。推行跨部门综合，在高邮市开展文化市场领域综合行政执法，整合高邮市体育局、旅游局的相关职能及执法队伍，划入高邮市文广新局（文物局），组建高邮市文化市场综合执法大队，实现一个领域一支队伍管执法。征市作为省综合行政执法体制改革13个试点县（市、区）之一，在市场监管等6大领域组建6支综合执法队伍，实现一个区域一支队伍管执法。
健全执法机制，规范权力运行。建立权责清单追责机制，按照“三级四同”的要求，梳理出市级47个部门包含行政处罚权在内的6518项行政权力，并同步编制了每项行政权力的“办事指南”。实施“双随机一公开”抽查机制，市级37个监管部门均出台“一单两库一细则”，270个事项纳入了部门随机抽查事项清单并公布。各监管部门实行抽查对象随机、执法人员随机，在“扬州市场监管信息平台”和“扬州市公共信用基础数据库和服务平台”及时公布检查结果。