在县区政府职能转变和机构改革工作中，西藏日喀则市编办以政府职能转变为核心，按照“精简、统一、效能”的原则，对县区机构设置、编制挖潜、职能配置等工作加强指导，确保县区机构改革工作有力有序推进。
一是优化政府组织结构。按照中央规定的限额设置县级政府工作部门，在县区必设工作部门的基础上，结合各县区经济结构、资源优势、地域特色等实际，适当设置了涉及旅游发展、林业绿化、城市管理等方面的工作部门；调整了县区信访局、文物局等部门管理机构，规范了部分挂牌机构和政府派出机构，使县区政府组织体系更符合县域经济社会发展。
二是活化编制资源配置。为确保财政供养人员只减不增，日喀则市编办坚持“控”“调”同步管理。县区编制总额以2012年底统计数为基数，按照“严控总量、盘活存量、优化结构、增减平衡”的要求，对县区上报的编制调剂方案严格审核把关，对调剂不当的编制及时与县区沟通纠正，确保编制资源向事关中心、全局工作和保障民生领域倾斜，妥善解决严格控制机构编制与满足事业发展需要的矛盾。
三是完善部门职能配置。紧紧围绕“法无授权不可为、法定职责必须为”的基本原则，结合县区权责清单和市直对口部门的“三定”规定，认真审核县区上报的“三定”规定，对部分职权遗漏、表述模糊、交叉重复等问题及时与县区沟通梳理，确需多个部门管理的事项，明确了牵头部门，分清了主次责任,建立健全部门间的协调配合机制，形成工作合力，提高行政效率。