山东省诸城市在机构编制监督检查工作中注重将系统考核与专项督查相结合，通过完善机构编制管理工作考核体系，建立绩效考核制度，强化专项督查等措施建立监督检查长效机制。
一是建立机构编制管理工作考核体系。制定出台《诸城市机构编制管理工作考核实施办法》，将机构编制管理情况纳入全市镇街和市直部门年度综合目标考核。《办法》按照职责履行、机构设置等类别将考核内容细化为9个具体项目，采取自考自评与现场考评相结合的方式，重点对镇街和市直部门贯彻执行机构编制管理政策法规和履行职责情况进行考核，考核结果折算计入镇街道和部门科学发展综合考核成绩。
二是规范基层医疗卫生机构的绩效考核制度。开展对基层医疗卫生机构的绩效考核，成立了事业单位考核委员会，出台《诸城市基层医疗卫生机构绩效考核办法》，明确基层医疗卫生机构绩效考核工作在考核委员会指导下，由卫生部门具体组织实施。考核结果分为三个等次，作为基层医疗卫生机构财政补助和核定单位工资总量的依据，并与领导班子成员和相关人员的聘用、奖惩与收入挂钩。
三是强化机构编制专项督查。针对机构编制管理中的重点、难点问题，采取实地检查与部门自查相结合的方式，强化机构编制专项督查。印发《关于严格机关事业单位用人管理的通知》，针对《通知》落实情况进行了专项督查，重点督查部门单位借用、聘用人员清理清退情况。