近年来，河南省开封市编办按照相关规定和要求，联合审计、纪检、组织、人社等部门，对市直行政事业单位和县区主要领导同志在机构编制政策法规执行、机构编制设置使用、在编人员增减变化、领导职数核定及配备等方面落实情况进行了审计，维护了机构编制法规纪律的严肃性， 探索积累了一些行之有效的方式方法，取得了一定成效。
一是探索创新了“七步走”的审计程序。第一步是成立审计小组，组长由编办副主任担任，编办督查科牵头，行编科、事编科、电子政务科派人参加，按各自职责进行具体分工并全程参与。第二步是制定年度计划，从主要领域、对象、人员、时间、要求等方面，对全年机构编制审计工作做出整体安排。第三步是制定具体方案，按照“一家一案”的标准，明确审计的对象、时间、内容、方法、程序和重点等，为进驻审计提供具体依据。第四步是做好审前准备，有针对性收集和查阅机构编制相关文件和有关资料，调查了解被审计县区、行政事业单位的机构编制管理基本情况。第五步是进驻审计单位。采取召开进点会、查阅资料、实地核查、座谈了解等方式，对审计对象进行立体审计，力求掌握第一手情况、发现具体问题。第六步是起草审计报告，提供机构编制基本情况、审计评价、存在问题、审计意见和建议等内容，交审计机关汇总。第七步是抓好整改落实，对被审计对象违规违纪情况进行“回头看”，督促整改措施落实到位。
二是探索创新了“三位一体”的审计方法。第一种方法是审阅法，是一种通过审阅机构编制具体事项办理依据的审计方法，具体包括查看有关记录，如党委常委会、政府常务会涉及机构编制管理工作的决策事项和编委会会议记录，部门党组会议涉及机构编制管理的会议记录，“三定”方案、批复文件和人员编制册情况。第二种方法是核对法，是一种核对审计情况与机构编制部门核定情况是否一致的审计方法，具体包括核对机构、编制、人员和领导职数情况，如所设置的工作机构与机构改革方案及重点领域改革方案、机构编制管理机关审批文件规定是否一致，机构编制部门核定的编制与组织、人社部门配备的在职人员、财政部门核拨工资的在职人员总数是否一致，在编人员与编制册和机构编制实名制系统数据是否一致，以及有无超机构、编制限额和违规进人、“吃空饷”的违纪问题等。第三种方法是计算法，是一种对审计数据进行计算分析的审计方法，具体做法是通过计算机构编制动态趋势，应用环比分析、基数分析等数学方法和审计技术方法，建立数据的动态分级分析机制，将机构设置、超（空）编、领导职数配备、岗位空缺、财政供养人员数量、年龄学历结构等基本信息梳理制作为动态图表实时展示出来，以曲线变化找准趋势对各层级人员编制情况进行分析和审计，找到被审计单位内在的、深层的、苗头性的问题。
三是探索创新了三种督促整改的自处理手段。第一种是约谈促整改，通过约谈违规违纪单位“一把手”，指出该单位违规违纪事项内容和相关法律法规的处理条款，阐明该违规违纪行为的严肃性和危害性，责令立即整改。第二种是通报推整改，扩大通报批评的传播范围，对违规违纪单位下发的通报批评和整改通知，除送达涉事单位和主管部门外，还报送市委市政府和相关职能部门，必要时发送全市所有机关单位；通过电视、开封网、编办门户网站等信息平台，对不涉及国家秘密的违规违纪情况进行公开，推动问题有效整改。第三种是暂停逼整改，对整改落实不及时不到位的市直单位，暂停一切机构编制审批工作，暂停其机构调整、招录（聘）计划审核、进人入编、社会信用代码证办理等工作，并坚决核销其超编（配）人员，必要时收回其空余编制；对整改落实不及时不到位的县区，坚决上收其机构和进人审批权，并减少其机构编制限额，以此催逼有关单位和县区有效整改。
四是探索创新了结果运用联动机制。结合经济责任审计工作联席会议、干部监督工作联席会议等制度，建立了由组织部门牵头，纪检监察、编制、审计和财政部门密切配合、分工明确、各负其责、运转高效的工作机制，使审计结果“一花多果”。具体分工如下：各级党委和政府将审计整改情况列入机关作风建设的考核内容；纪检监察机关将机构编制审计结果报告归入干部廉政档案，作为考核领导干部廉政情况的依据之一；组织人事部门将审核结果作为对领导干部考核、任免、奖惩的参考依据；财政部门对超编人员不予核拨工资，对“吃空饷”人员坚决停发工资并追回已发工资。问题特别严重的，尤其是严重违反有关纪律的，由纪检监察部门立案查处；触犯法律的，移交司法机关依法惩处。