一是强化机构编制与组织、人事、财政之间协作配合。以编委文件印发《关于进一步加强编制使用管理的意见》，建立健全机构编制与组织、人事、财政部门之间机构编制管理联动机制。机构编制部门按规定程序和权限对编制使用情况进行审核；组织、人社部门按照核准的编制使用许可和领导职数招考录（聘）用、调整人员和配备领导干部；财政部门按照编制使用情况核定预算、核拨经费。凡不按规定、不按程序使用编制的，机构编制部门不予办理编制使用和实名制变更登记手续，组织、人力资源社会保障部门不予办理人员调整、工资核定和社会保险等手续，财政部门不予核拨经费。部门、单位人员配备、领导职数使用等方面信息，作为组织、编制、人社等部门安排用编进人计划和调配干部、推进党政机构改革和事业单位改革等工作的重要依据。
二是强化与审计部门之间协作配合。印发了《关于烟台市机构编制管理和执行情况审计工作办法》，机构编制管理和执行情况审计由审计部门具体组织实施，结合领导干部离任审计和任中审计工作开展。市机构编制部门会同组织部门印发《领导干部经济责任审计委托书》，委托市审计部门对全市部门、单位主要负责同志及县市区政府主要负责同志进行任中经济责任审计。年终，市审计部门将审计结果及审计发现的案件线索等反馈给机构编制部门；机构编制部门进行调查处理，责成被审计对象（单位）及时整改；整改工作结束后，被审计对象及所在单位向机构编制部门报告整改情况，机构编制部门抓好跟踪回访，督促整改落实到位，并将整改情况及处理结果向审计部门反馈。目前已完成近百名市部门、单位主要负责同志及县市区政府主要负责同志的任中经济责任审计。
三是强化与纪检监察部门之间协作配合。市委编办按照与市监委签订的《反腐败数据资源共享协议书》，每季度将各部门、单位的机构设置、领导配备以及人员基本信息提供给市监委，作为烟台市“反腐败大数据研判平台”的基础数据。2019年7月以来，先后3次将各部门单位机构设置、领导配备及人员相关信息提供给市监委，为其开展工作提供了便利，倒逼各部门、单位严守机构编制纪律。