为适应新时代党的机构编制监督检查工作新形势新变化，重庆市委编办以建立健全机构编制问题台账为抓手，不断完善工作制度，提高机构编制监督检查工作效能。2015年，建立机构编制问题台账整改销号制度。2017年，按照上级相关文件要求，在原有机构编制问题台账的基础上，全面梳理历史遗留的机构编制问题，建立完善机构编制事项审批与问题整改联动机制。2018年，对机构编制问题进一步科学分类，规范台账管理，深入开展机构编制问题整改专项工作。
一、及时纳入台账管理。一是坚持把抓好机构编制监督检查工作作为保证市委、市政府及市委编委决策部署落实落地的重要举措，对在巡视、审计、核查、实名制统计、信访、专项督查等工作中发现的机构编制违规违纪问题，不疏不漏，及时整理汇总入账。二是逐一认定机构编制问题类型和违规后果，按违规问题和政策性超编问题两类台账逐项归类，明确整改措施、整改时限、整改责任人，确保所有机构编制问题不积压。三是深入分析研判台账数据，区分共性问题与个性问题，把准机构编制问题特点，预判机构编制违规违纪风险点，为开展巡视、审计等提供重要线索。
二、严格督促问题整改。对登记入账的机构编制违规违纪问题，通过印发书面整改通知、与市级部门干部人事部门或区县党委编办主要负责人沟通等方式，及时将整改要求和责任落实到位，确保问题来自哪里，就在哪里解决，不回避问题、不上交矛盾。一是通过电话向整改责任人了解整改工作进度，传导压力，把控整改工作节奏。二是结合机构编制有关工作调研，实地查看整改进展情况，了解整改工作中的难点、问题，及时做好政策解释和答疑。三是召开专题督办会议，全面掌握整改工作进展，集中研究有关疑难问题，进一步明确整改要求。
三、逐一核实验收销号。问题整改完成后，根据整改反馈情况进一步抽查核实。验收合格的，在问题台账中予以销号；验收不合格的，提出工作要求，继续挂单并开展“回头看”重点督办，直至问题整改到位。在规定时限内整改不到位的区县，视具体情况作出相应处理，并纳入本年度机构编制工作考核予以扣分。同时，对整改不力的单位和个人，依照《中国共产党机构编制工作条例》相关规定予以追责，切实维护机构编制纪律严肃性权威性。