厦门市以推动机构职能优化协同高效为着力点，进一步理顺部门职责边界，促进职能更加优化、权责更加协同、运行更加高效，实现机构改革从“物理整合”向“化学反应”转变。
一是坚持职责法定，推动“三定”规定落实到位。贯彻编制就是法制的要求，推动部门严格按照“三定”规定履职尽责，聚焦主责主业，全力推进机构、职能、人员全面融合。督促市直部门严格执行“三定”已经明确的化工建设工程质量监管、烟花爆竹监管、同城快送行业监管、粮食质量安全监管等40余项部门职责分工，确实提高行政效率。
二是坚持动态调整，确保工作职责衔接顺畅。为适应经济社会发展，及时研究解决机构改革后机构职能运行过程中出现的新情况新问题，科学合理界定部门职责关系。按照上下贯通、权责一致的原则，坚持一类事项原则上由一个部门统筹、一件事情原则上由一个部门负责， 进一步协调明确林业行政执法、企业内设加油站点、渔业生态环境监测等事项的部门职责分工，避免部门职责越位、缺位、错位。
三是坚持制度引领，提高部门协调配合水平。进一步规范部门职责分工，提高行政效能，推动建立有主有次、权责明晰、流程通畅、运转高效的部门职责协调联动机制。根据《中国共产党机构编制工作条例》有关部门职责分工的规定，研究拟订市级机关部门职责分工协商协调制度规定，明确部门职责分工协商的程序、协调的原则、监督检查程序等规定，及时化解部门职责分工分歧，确保部门高效履职。