一是明晰职能定位。结合“三定”规定制定工作指导各部门单位依法履职履责，牢固树立“代管就是主管”“被代管事业单位就是下属事业单位”的意识，进一步明确了代管部门揽全局、把方向、管系统的调控管理职能以及被代管事业单位为代管部门履职提供支持保障的公益服务职能。
二是调整人事管理体制。被代管事业单位主要领导成员兼任代管部门领导成员或职级的，其工作分工由代管部门研究确定后报组织部门备案；被代管事业单位主要领导成员不兼任代管部门领导成员或职级的，根据工作需要参加代管部门重要会议，定期向代管部门汇报工作。积极推动被代管事业单位内部“流程再造”，其对上请示、中层副职以上干部调整考核、职称评聘方案、用编进人计划申报等重大事项必须经代管部门审核后上报并组织实施。
三是调整财务资产管理机制。取消被代管事业单位零余额帐户，其财务并入代管部门统一核算。被代管事业单位预算公开由代管部门代为公开或汇总公开，对上申报项目等必须经代管部门审核同意后方可组织实施，切实强化财政经费的集中管理。
四是调整机构编制管理体制。严格推进机构编制法定化，被代管事业单位的机构编制单独核定，其机构编制事项申请必须经代管部门审核同意后按程序上报审核或审批。以全市综合考核为着力点，完善考核评价机制，彻底改变以往代管事业单位的考核方式，其绩效考核工作统一由代管部门负责，推动形成代管部门与被代管事业单位同心协力、奋勇担当的攻坚格局。
五是健全完善工作运行机制。在参加市级层面会议、明确市级领导分工等方面规范被代管事业单位工作运行机制，明确市委市政府安排部署的重点工作、重点会议等原则上由代管部门负责传达贯彻落实，市级领导分管代管部门的要同时分管被代管事业单位，确保工作落实无空挡、部门职责不交叉。
六是继续推进相对集中办公。充分利用现有办公资源，采取腾、挪、转、租等多种方式推动被代管事业单位与代管部门集中办公。暂不具备条件的，先行实现领导班子集中办公，为被代管事业单位与代管部门加强协作配合、提升工作效能提供硬件保障。